Первый самолет МС-21-300 выполняет программу летных испытаний на аэродроме ЛИИ им. М.М.Громова (г. Жуковский, Московская обл.). Испытания подтверждают правильность технических решений. В частности, самолет проверен на устойчивость и управляемость, определены его взлетно-посадочные характеристики, испытаны различные режимы работы силовой установки, включая запуск двигателя в полете, определены характеристики вывода самолета из глубоких завалов по крену.
В интересах программы проводится большой объем наземных тестов. В ЦАГИ ведутся прочностные испытания самолета МС-21. В ходе завершившихся в конце 2017 г. испытаниях композитного кессона крыла подтверждена его достаточная прочность для выполнения полетов на предельных режимах. Испытания композитных агрегатов механизации подтвердили их прочность при максимально возможных нагрузках в наиболее агрессивных условиях эксплуатации.